A acetil-coA é uma molécula muito importante para os processos metabólicos celulares. A oxidação de vários compostos a acetil-coa é altamente exergônico, desse modo viabiliza outras reações químicas intracelulares. Alguns exemplos dessas moléculas que são degradadas a acetil-coA são ácidos graxos, aminoácidos como glicina, leucina, isoleucina, serina, cisteína, alanina, triptofano, lisina, tirosina e fenilalanina.
O principal mecanismo de obtenção de energia em animais, muitos protista e algumas bactérias é oxidaçao do ácido graxo em acetil-coa. A conversão de acetil-coA em grupos cetônicos, no fígado, torna-se essencial quando a glicose não está presente. Os corpos cetônicos são combustíveis hidrossolúveis que são transportados a vários tecidos. Em vegetais superiores, a molécula de acetil-coA serve como precursor biossintético e, como segunda opção, como combustível.
A oxidação dos acidos graxos e denominada de b - oxidação. A b - oxidação ocorre em três etapas. A primeira consiste na remoção oxidativa sucessiva de dois átomos de carbono na forma de acetil-coa, começando pela extremidade carboxila da cadeia do lipídeo.Para esta etapa, cada molécula de acetil-coa formada requer a ação de desidrogenase. Na segunda etapa, os resíduos acetila da molecula de acetil-coA sao oxidados até gás carbônico, através do ciclo do ácido cítrico. O terceiro estágio utiliza-se dos transportadores de elétrons reduzidos produzidos nas duas primeiras etapas para a transferência de elétrons durante a cadeia respiratória mitocondrial. Dessa forma temos de forma concomitante a fosforilaçao de ADP a ATP e assim a energia liberada pela oxidação dos ácidos graxos é conservada sob a forma de ATP.